不合法，侵犯了劳动者的劳动报酬权。

《劳动法》第五十条规定：“工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人。不得克扣或者无故拖欠劳动者的工资。”员工工作一天可获得一天的工资，缺勤一天，公司可不支付当天工资。但公司规定扣3天工资，多扣的两天工资显然是其他正常工作日的工资，这是克扣工资的违法行为。

案情简介

陈某于2018年到某公司工作。2019年4月，陈某在未办理请假手续的情况下未出勤，公司记陈某旷工一天。次月，陈某收到公司发放的工资时发现，除了旷工那天的工资被扣之外，公司还少支付了两天工资。公司解释说，根据单位的规章制度，旷工一天扣三天的工资，王某在4月旷工一天，应当依照规定扣除三天的工资。于是陈某申请仲裁，要求公司支付克扣的两天工资。

裁决结果

支持了王某的仲裁请求，裁决公司返还王某被克扣的两天工资。
公司法
法律依据

《劳动法》第五十条规定：工资应当以货币形式按月支付给劳动者本人，不得克扣或无故拖欠劳动者的工资。因此，只要劳动者提供劳动义务，用人单位就有义务支付劳动者相应的劳动报酬。

也就是说，劳动者工作一天，就应获得一天的工资；缺勤一天，公司可以不支付当天与出勤有关的工资。但本案中公司对王某旷工一天扣三天工资，多扣的两天工资显然是王某其他正常工作日的工资，这就是涉嫌克扣工资。而且，本案中，旷工一天扣三天工资的做法，带有经济处分性质，而经济处分的本质是罚款，在现行法律中，罚款没有任何依据可循。

在上述案例中，虽然公司的规章制度规定了员工旷工一天将扣除三天工资，并且该规定为员工所确认，但是该规定是不符合法律规定的，既不合理也不合法。所以，并不是所有公司规章规定的制度都会对劳动者所适用，一些公司规定的既不合理也不合法的制度对员工是不能生效的！比如禁止员工上洗手间一天不能超过三次，一次不能超过5分钟，员工之间谈恋爱就开除等不合理的制度！

面对公司“旷工一天扣三天工资”的制度，劳动者可以可以向劳动监察部门投诉举报，劳动部门在核实好材料后，会进行立案，进行调查处理，向公司发出责令支付的通知，如果公司逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金；
劳动者也可以以公司未及时足额支付劳动报酬，提出被迫离职，申请劳动仲裁要求经济补偿金

法律依据

第八十五条

用人单位有下列情形之一的，由劳动行政部门责令限期支付劳动报酬、加班费或者经济补偿；劳动报酬低于当地最低工资标准的，应当支付其差额部分；逾期不支付的，责令用人单位按应付金额百分之五十以上百分之一百以下的标准向劳动者加付赔偿金：未按照劳动合同的约定或者国家规定及时足额支付劳动者劳动报酬的；