企业商业秘密的保护措施包括两大方面：

一、企业内部的保密措施
1、设立商业秘密的管理机构专门管理商业秘密的事情，或者觉得设立机构成本过高，那至少要在岗位中间设立一个商业秘密的管理职能。
2、与专业的律师进行合作，来借助外部的专业力量对商业秘密进行保护。
3、在公司的制度里面确定商业秘密的范围，便于员工执行和企业管理。
4、建立执行三秘密的保密程序、措施等制度。
5、有了制度还需要监督执行，并且提升防范机制。
 
二、在对外工作中的保护措施
1、与上下游客户签订保密协议
在与上下游客户履行业务过程中间他们必然会接触到公司的商业秘密，所以非常有必要与他们建立一个保密协议。
2、与会计事务所、律师事务所等中介机构签署保密协议。因业务发展的需要，企业与这些中介机构发生业务过程中间，他们会接触到很多公司的商业秘密，尤其是财务数据等，有保密协议的约定可以把商业秘密控制在一定的范围之内。
3、与其他可能合作的伙伴签订保密协议，尤其在投融资过程和重组过程中间，为了能够合作成功交流一些公司的核心秘密是必不可少的，但是合作不成功时对于对方掌握的秘密，就非常有必要要求对方进行保密。
 
三、  商业秘密的事后维权
无论企业如何保护商业秘密，总是不能避免被侵犯，但是商业秘密被侵犯之后，企业应当积极的采取维权措施：
1、及时控制扩散范围
要采取的措施是与被侵权人和解或者缩小扩散范围。很多人比较奇怪，为什么我的权利被侵犯了还要找对手和解呢，因为你被侵犯的是商业秘密，如果这个秘密无限的扩大，是人皆知，那你的这个秘密就不存在了。如果你的秘密真的被公开了，那你只能转化保护方式，比如去申请专利等等。
2、向市场监督局举报
市场监督部门有依法查处侵犯商业秘密的职权和义务，所以在商业秘密被侵犯的时候，权利人可以向市场监督局进行举报要求查处。市场监督局査实之后，可以对侵权人进行处罚，他们的处罚也可以成为权利人进一步行使权利的根据。
 
3、向公安机关进行举报
根据刑法219条规定，如果侵权人侵犯商业秘密的损失金额超过50万元以上，就可以构成侵犯商业秘密罪，依法可以追究刑事责任。所以向公安举报也是一种可以选择的途径。
 商业机密
4、民事诉讼赔偿
民事诉讼赔偿是企业在塞秘密被侵权之后，最最常用的方式，它可以请求被侵权人停止侵权和赔偿损失。
但是，如果想获得民事诉讼，赔偿，必须具备几个要件：
1、首先权利人要证明他的被侵犯的信息，符合法定的商业秘密特征：就是要具有秘密性、实用价值性和保密性。
秘密性，是指信息不为公众所知悉。但是那些一般常识和惯例，或者仅涉及到尺寸结构、材料的简单组合，以及在出版物或者媒体上已经公开过的，在报告会上、展会上亮相的都不能称之为不为公众所知悉的情况。
实用性和价值性，是只能为权利人带来竞争优势的经济利益的因素。如可以通过以往的合同订单等证明这些优势。
保密性是指权利人为防止信息泄露所采取的与商业价值相适应的合理措施属于保密措施。
具有下列情形之一的应当认为采取了保密措施：
  1、有规定限定的信息的知悉范围；
  2、对涉密载体进行加锁；
  3、标有保密标志；
  4、对信息采用密码或代码；
  5、签有竞业协议、保密协议等措施；
  6、对涉密的机器、厂房、车间限定来访者或者退出保
    密要求。
 
2、提供是否存在侵权行为的证据？
   a.侵权人是否知道或者接触过商业秘密。
   b.侵权人是否违反了保密约定或法律规定，并且发生了
    侵权的事实。
   c.共同侵权人是否明智而为。
  d.并非客户主动找上侵权人。
 
3、侵权责任赔偿的确定
一、权利人可以要求侵权人停止侵权；
二、可以要求侵权人赔偿损失；
      计算方式有三种；
    1、以权利人的实际损失来计算；
    2、以侵权人的实际获利来计算；
   3、无法确定时500万元以下由法院确定。
 
如果侵权人同时受到了民事赔偿、行政处罚和刑事处罚，其财产不足时优先承担民事赔偿。